大运河博物馆由南京博物院负责布展和运营，是一座全面反映大运河历史概况、现今状态和运河美好生活的博物馆。据南京博物院院长龚良介绍，这里有公园般美丽的博物馆环境，有新唐风格调的博物馆建筑，有全流域、全时段、全方位的博物馆展览，彰显大运河的千年底蕴和当代形象。

据悉，国内现有的运河主题博物馆都是从某一角度或在某一地域局部展现大运河的文化要素，扬州中国大运河博物馆则是从时间跨度、空间跨度上实现大运河文化全流域、全时段、全方位的整体概念表达，以此来立体呈现大运河的历史和文化。观众可以在馆内了解隋唐大运河、京杭大运河、浙东运河的前世今生，领略运河上的水工智慧、舟船式样、漕运盐利、贸易商业、饮食风物、市井生活，以及运河沿线的自然生态、运河与“一带一路”的交汇融合。